虽然算得上是新生的朱由校逐渐清理明帝国的内忧外患，但是小冰河时期这一个事情，就算是焕发新生的明廷文武，都没有办法解决这样的问题。
也许是因为天不绝大明，在跟弗朗机人进行红衣大炮贸易的时候，一个穿着破烂的弗朗机人用相当廉价的价格，向跟弗朗机商人交涉的徐光启销售了土豆以及玉米种子。
虽然徐光启并非是专精农业的大臣，但是从这一个弗朗机人交谈的内容得知，这些种子若是能够种植成活的话，说不定会是扭转眼下依旧逐渐不利的态势的关键所在。
徐光启觉得这样的事情应该尽快向朱由校汇报。
于是，在没有确定交易红衣大炮的金额之前，徐光启直接让副官宋应星继续跟弗朗机商人进行磋商谈判，而他则是马不停蹄的返回京师。
在半个月后，徐光启风尘仆仆的求见朱由校，后者在接见对方之后，确定了徐光启对于这些种子的重视，最终下令这些种子在皇庄内种植，并且由锦衣卫严加看守。
虽然朱由校并不知道他的这一个决定给这一个依旧在风雨飘摇的大明帝国带来什么变化，但是出于对徐光启的重视，朱由校觉得就算是这一次种植失败，也不是什么大不了的事情。
而君臣两人并不知道的是，明帝国将会因为两种作物而发生什么变化。
在约莫三个月之后，皇庄管事太监禀报种植的结果，让朱由校以及一旁的魏忠贤先是惊诧很长一段时间，才急忙前往皇庄查看收成。
在看到了超过两三千斤的作物果实之后，朱由校以及魏忠贤对视一眼，确定了这些作物对于大明帝国的重要性。
而这一次，也可以算得上是大明帝国不折不扣的转折点。
三年后，仓廪实且兵器充足的明廷，发动了再一次的对后金的征伐。
明军兵分两路，一路出山海关，取道宁远，然后进攻浑河地区。这一路的明军主帅是卢象升；而另外一路则是由孙传庭率领，从登莱地区的港口乘坐水师船只，取道皮岛，会合皮岛总兵毛文龙所部，从李氏朝鲜所管辖的领地，出鸭绿江，进攻辽西地区。
两路明军兵力总计七万人，这一些部队可以算得上是明军在这几年时间积累的最精锐部队。
而因为上次在喜峰口惨败，后金经历了为期一年多的内乱。
最终，在多尔衮率领正白旗残部向北面的茫茫雪原溃逃，阿济格以及部分后金文武大臣在内乱之中被皇太极一派诛杀，画上了这一次后金内乱的句号。
虽然皇太极可以算得上是以满族八旗其中五旗对抗多尔衮的正红旗、正白旗以及镶白旗，但是在几次混战过后，后金可以算得上是元气大伤——正红旗以及镶白旗几乎被全数诛灭，多尔衮只能够带领正白旗残部溃逃；但是皇太极一方的另外五个满人八旗，同样也是元气大伤，甚至是他的长子，被任命为镶黄旗旗主的豪格，也死在了跟阿济格所率领的镶白旗混战之中。
可以说，接连经过喜峰口惨败以及一年多内乱的满清，早已经不复在萨尔浒之战大胜明军主力之后的辉煌。
本来在从因为内乱而南逃的汉人包衣口中知道了后金内乱，并且派遣人员确定有着一种情况之后，明廷也不是没有考虑过直接趁着后金内乱之际而发动攻势。
不过这一个打算被孙承宗所反对。
孙承宗反对的理由有三：
其一，现在后金正处于内部混乱，一旦大明出兵，反而是让对方内部再次团结整合在一起，这一种事情对于我们大明是相当不智的；
其二，虽说后金陷入混乱之中，但是至今所得的情报，并没有表示后金似乎元气大伤，所谓“两虎相争，必有一伤”，既然如此，为何不让女真人拼个两败俱伤，我们完全可以渔翁得利；
其三，我们大明虽说得到了天赐神物，但是至今也不过是部分地区得到了种植，为何不等待更多的收成以及普及种植之后，才徐图后计？
孙承宗所说的三个条件，让朱由校为首的明廷君臣都陷入到沉默之中，不是说孙承宗所建言的三条毫无道理，反而是这三条可以说得上非常有理有据。
而这最终也导致了大明第二次征伐后金，“拖延”了将近两年的时间才完成相应的准备。
本来作为兵部尚书兼任蓟辽督师的孙承宗，坐镇山海关，负责统筹卢象升所部的粮秣以及指挥后援部队，准备在合适的时候加入到辽东战场。
但是无论是后金皇太极一方，还是明廷上下，都没有想到的是，孙承宗的后援部队，根本没有上场的必要：
在浑河地区，卢象升以宣化总督所部为主的明廷边军部队，跟皇太极所率领的后金残部主力对峙。
双方在为期两个多月的对峙之中，基本上没有爆发什么大战，而是不断派遣小规模的部队进行渗透，试探对方的防御薄弱环节。
但是皇太极并没有想到的是，以镶红旗为主，再次重整的正红旗旗主代善以及镶红旗旗主萨哈廉，先后在辽西跟孙传庭以天雄军为主的另外一路明军交战，然后相继兵败被杀。
其中毛文龙枭首抱病上阵的代善，而萨哈廉则是被明军的火器直接打成了马蜂窝。
在失去了两红旗的机动兵力之后，仅存的部分固守小型城砦或者是部分坞堡的汉军八旗以及汉人包衣，根本无法抵挡孙传庭麾下明军的猛攻。
在一个多月之后，孙传庭率军进攻盛京，在城外击败了莽古尔泰的正蓝旗残部，在猛攻兵力空虚的盛京一天之后，盛京被攻破，明军进入到盛京，俘获大批后金文武官兵家眷，其中就包括皇太极最为宠爱的妃子——博尔济吉特·海兰珠。
得知了盛京陷落，莽古尔泰战死的消息之后，皇太极气急攻心，直接吐血昏迷。
在经过抢救之后，皇太极醒过来，下令大军留下三分之一，由其侄子杜度率领牵制卢象升所部，而他则是亲自率军回返盛京。
杜度知道，一旦对面的卢象升知道皇太极率军回援盛京，那么他的下场堪忧。
不过到了这一个地步，在后金几乎算得上是文武凋零的如今，他作为努尔哈赤的长孙，也只能够承担自己的责任。
皇太极率军在当晚连夜离开大营，但是他们以为隐秘的动作，早已经被锦衣卫所发现。
卢象升在确定了皇太极离开之后，等了将近一天之后才率军强攻杜度所部，最终经过半日血战，卢象升下属猛将曹变蛟一箭射杀打算逃离的杜度，失去主将以及被围困的后金军投降。